win10下基于wsl-Ubuntu 的LAMMPS超便捷安装

 

前言

本文为学习过程中第一次进行总结和编撰,诸多问题详略不当还望谅解。如此拙见,若有幸相助,那必是荣幸之至。


简介

本次安装是基于Manual,使用win10下Ubuntu子系统中,apt应用商店的扩展软件源进行的一键式安装。其原因如下:

  1. Win10是主系统,日常的文件处理等均在Win10进行。友好的图形界面常用的办公软件等。(槽点)
  2. Win10的WSL支持十分良心,且与linux子系统的文件交互十分方便。
           ​​​​​​(本地磁盘挂靠在/mnt/下,linux的rootfs在本地有物理地址。)

  3. lammps自主编译安装(make),需求前期的各种环境和软件包支持,安装过程需定义环境变量,同时又是较为陌生的Linux系统下的操作。故使用 Anton Gladky大佬的Ubuntu package是新手安装的最佳选择。
  4. 子系统的操作和Terminal均与远程连接服务器类似,是个良好的过渡选择。

PS:后期必然要换回自主编译安装,因为需要根据需求不同使用自定义的lammps功能模块。这里只是推荐前期学习使用

(从工作量来看,实际使用必定在超算或者学校的集群上进行,个人电脑就是学习用的)


目录

 

前言

简介

Win10子系统安装

Lammps在apt的一键式安装

环境设置和运行实例测试

结语



Win10子系统安装

    系统要求:win10 build 16215及以上
    先打开Linux子系统的支持(如下图)
    控制面板->程序和功能->启用或关闭Windows功能->勾选 适用于Linux的Windows子系统win10下基于wsl-Ubuntu 的LAMMPS超便捷安装
    获取linux的安装包
    较为熟悉可以去各大Linux门户网站自行下载支持,这里推荐直接Win10 store获取。(PS:Microsoft Store 还是蛮厉害的,颇有MAC的味道,只是windos应用商城的概念并未被广泛用户接受。毕竟用软件网站的.exe太根深蒂固了)
    在Microsoft Store搜索Ubuntu,直接下载安装即可。win10下基于wsl-Ubuntu 的LAMMPS超便捷安装
    安装Ubuntu
    上一步仅仅是把安装程序安装好了,在开始菜单找到Ubuntu的图标,进入Terminal。
    按照窗口中的提示安装,并进行用户名和ROOT密码的设置。win10下基于wsl-Ubuntu 的LAMMPS超便捷安装
    (额,一般英语水平应该可以看得懂 yes,no,next,print password。莫慌Linux下的英语均为日用蛮简单的)

至此,子系统Ubuntu就安装完成了,Terminal将会成为学习的主阵地。


Lammps在apt的一键式安装

    换源和更新应用
    原来的软件源为外链,下载龟速。这里使用的清华源,同样还有阿里源等。

    # 对系统给的镜像源进行备份,以防出问题
    sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup

    # 删除镜像源文件
    sudo rm /etc/apt/sources.list

    # 重新建立镜像源文件并编辑
    sudo nano /etc/apt/sources.list

    此时使用nano编辑软件,创建并打开了sources.list文件。(可以初步了解 linux的命令方式)
    复制上面链接的源地址,在Terminal中鼠标右键粘贴(省心的操作)
    ctrl + O 保存并退出。

    执行apt更新

    #执行apt list的更新
    sudo apt-get update

    #安装 更新
    sudo apt-get upgrade

    这里就完成了Ubuntu的基础配置。
    与下一步之间其实需要对Linux的文件结构,文件属性,基础命令,lammps操作有一定的了解。
    也可以先按步骤进行安装,然后再做熟悉。相信你会逐渐理解每一行命令的做用。

    添加lammps软件源personal-package archive (PPA)

    sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps

    sudo apt-get update

    这里添加了一个新的个人软件源(Anton Gladky),下载速度一般没问题。出现断线可以换个时间段。

    安装lammps-daily

sudo apt-get install lammps-daily-doc

这里会提示一大串的相关软件包的安装,直接Y,确定都安装上。这就是避免了一堆前置软件的手动安装。
这也使得学习后期转向自主编译lammps极为方便,因为所有需要的前置环境均已安装
注:此时安装的lammps-daily,是基于如下命令完成的自动编译(auto-make)安装。
$ make yes-all
$ make no-lib
$ make mpi

这里看不懂没关系,当你熟悉之后,开始自主编译安装lammps时便会理解。


环境设置和运行实例测试

0.这里的lammps-daily已经实现编译,并将可执行文件放入/user/local/bin/。
这意味着,可以直接在Terminal调用lmp,而不需要建立软连接或者定义路径变量。

    设置多线程运行环境
    直接在命令行输入

    lmp_daily
    这也是日常使用lammps的启动命令。
    win10下基于wsl-Ubuntu 的LAMMPS超便捷安装
    其中的一行信息显示 OpenMP 未设置,这里为在单一计算机的多线程优化,这会提高个人电脑使用lammps的运行速度。
    可以设置如下

    sudo vim .bashrc

    Vim的获取和使用可以自行百度,这里不做赘述。
    这里仅需要在文档最后使用 insert 添加一行:
    这里的 4 指的是线程数,请根据个人电脑的线程数进行修改。一般intel多核cpu均可双线程,即线程总数=核数*2。

    export OMP_NUM_THREADS=4

    然后 保存退出
    ctrl + D 关闭子系统并重启,应用已改变的环境变量。开启lmp_daily 就使用四线程了。

    运行 melt 实例
    切换至 /usr/share/doc/lammps-daily-doc/examples/ 目录,这里是预安装的内置例子。
    切换至/usr/share/doc/lammps-daily-doc/examples/melt目录,开始运行融化的案例。

    #切换至案例文件夹
    cd /usr/share/doc/lammps-daily-doc/examples/melt

    #导入in.melt,运行实例
    lmp_daily < in.melt

    这样就启动了第一次lammps模拟实例。
    win10下基于wsl-Ubuntu 的LAMMPS超便捷安装
    其中的 WARNING 信息是因为用户在当前目录无编辑权限,无法生成运行的log文件。这里只做运行测试,无需改正。
    在之后的实例学习时,可以将example下的某个实例文件夹复制到 /home/“用户名”/ 目录下,运行并生成输出文件。
    “用户名”需要根据自己的设置更改

开始进行材料模拟计算吧!


结语

作为用lammps做材料研究而言,本人也是初学者。对linux下的很多编程并不熟悉。

一切使用也是需求至上,便逐步摸索,这里是在记录自己摸索时候的一些尝试。

知识从来不应该拿来炫耀,同时许多软件的使用也不应该完全黑箱化。

还是开头那句话:如此拙见,若有幸相助,那必是荣幸之至。

原创:https://www.panoramacn.com
源码网提供WordPress源码,帝国CMS源码discuz源码,微信小程序,小说源码,杰奇源码,thinkphp源码,ecshop模板源码,微擎模板源码,dede源码,织梦源码等。

专业搭建小说网站,小说程序,杰奇系列,微信小说系列,app系列小说

win10下基于wsl-Ubuntu 的LAMMPS超便捷安装

免责声明,若由于商用引起版权纠纷,一切责任均由使用者承担。

您必须遵守我们的协议,如果您下载了该资源行为将被视为对《免责声明》全部内容的认可-> 联系客服 投诉资源
www.panoramacn.com资源全部来自互联网收集,仅供用于学习和交流,请勿用于商业用途。如有侵权、不妥之处,请联系站长并出示版权证明以便删除。 敬请谅解! 侵权删帖/违法举报/投稿等事物联系邮箱:2640602276@qq.com
未经允许不得转载:书荒源码源码网每日更新网站源码模板! » win10下基于wsl-Ubuntu 的LAMMPS超便捷安装
关注我们小说电影免费看
关注我们,获取更多的全网素材资源,有趣有料!
120000+人已关注
分享到:
赞(0) 打赏

评论抢沙发

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址

您的打赏就是我分享的动力!

支付宝扫一扫打赏

微信扫一扫打赏